《陌生人6》的故事发生在韩国、中国和日本未来的经济共同区——大连。三国情报部门了解到，以大连为震中，5年内发生特大地震的可能性很大，威胁三国乃至整个亚洲的生存。防止这次大地震的唯一方法是在大连机场的地下安装特殊装置，将能量释放到地壳之外。三国决定秘密进行这项工程。但有一股黑暗势力试图暗杀该项目的负责人，阻止该项目，并泄露秘密。因此，三国情报部门各派出两名关键人员对抗这股黑暗势力。
